Pondok Pesantren Modern ZIIS hadir di tengah masyarakat untuk mencetak generasi-generasi  yang tidak sekadar mampu menguasai IPTEK dan berbagai bahasa. Tetapi, juga membimbing santri mulai dari yang belum bisa membaca Al-Qur’an sampai menjadi Hafidz/Hafidzah di bawah bimbingan para asatidz yang berkompeten. Oleh sebab itu, Pondok Pesantren Modern ZIIS menghadirkan dengan 3 program diantaranya

1. Program Tahsin

Program tahsin diberikan untuk memperbaiki bacaan Al-Quran santri yang kurang bagus baik dari tajwid hingga makharijul huruf. Tidak semua santri mengikuti program ini. Santri terlebih dulu diseleksi. Program ini wajib dituntaskan santri sebelum mulai menghapal Al-Qur'an.

2. Program Tahfidz Reguler

Program Tahfidz adalah suatu kegiatan akademis dan praktis yang lebih memfokuskan pada bidang menghafal Al-Qur'an. Program Tahfidz lebih menekankan pada pemahaman dan penguasaan menyeluruh terhadap cara menghafal Al-Qur'an dengan baik dan benar sesuai dengan Ilmu Tajwid. Ada pun target dari program ini ialah tahunan dengan jumlah target hafalan yaitu 1 juz.

3. Program Tahfizh 30 Juz

Merupakan program lanjutan dari program kedua dengan target hafalan 30 Juz. Program ini hanya dapat diikuti oleh santri yang memiliki hafalan minimal 3 Juz.

Dengan ketiga program tersebut diharapkan mampu menjawab kekhawatiran calon wali santri yang hendak mendaftarkan putra/putrinya ke PPM ZIIS. Meskipun belum mampu membaca Al-Qur’an, santri akan dibimbing untuk dapat mahir sesuai dengan kemampuannya.

Diantara keutamaan menimbah ilmu agama khususnya Al-Quran, insyaallah akan menjadi investasi yang tidak akan pernah merugi. Firman Allaah,

إِنَّ ٱلَّذِينَ يَتۡلُونَ كِتَٰبَ ٱللَّهِ وَأَقَامُواْ ٱلصَّلَوٰةَ وَأَنفَقُواْ مِمَّا رَزَقۡنَٰهُمۡ سِرّٗا وَعَلَانِيَةٗ يَرۡجُونَ تِجَٰرَةٗ لَّن تَبُورَ

Sesungguhnya orang-orang yang selalu membaca kitab Allah (Al-Qur`ān) dan melaksanakan salat dan menginfakkan sebagian dari rezeki yang Kami anugerahkan kepadanya dengan diam-diam dan terang-terangan, mereka itu mengharapkan perdagangan yang tidak akan rugi,

- Surat Fathir, Ayat 29 -