Pondok Pesantren Modern ZIIS Cilongok menyediakan perpustakaan dengan berbagai koleksi buku yang dapat disesuaikan dengan minat baca santri. Mulai dari buku-buku Dirasah Islamiyyah sampai buku-buku umum yang dapat menambah wawasan santri. Selain itu, tempat yang nyaman dan luas dapat memberikan kenyamanan tersendiri bagi para santri untuk belajar di Perpustakaan.