Pondok pesantren Modern ZIIS memiliki masjid yang cukup besar. Masjid ini menjadi pusat kegiatan keagamaan mulai dari ibadah shalat berjamaah, mengaji, hafalan, khutbah/kajian, dan lain-lain. Fasilitas yang disediakan dalam masjid diantaranya audio yang representatif, kipas angin yang dapat menjaga suhu ruangan agar sejuk, dan tempat wudhu yang memadai memungkinkan kegiatan peribadahan siswa dan seluruh warga Pondok Pesantren Modern ZIIS Cilongok terasa nyaman.