Ponpes Modern ZIIS Cilongok menyediakan fasilitas indoor swimming pool dengan luas 23 meter x 5 meter serta kedalaman mulai dari 75 centimeter sampai 2 meter. Dilengkapi dengan berbagai alat pelengkap, fasilitas indoor swimming pool ini mendukung kegiatan harian untuk kesehatan dan kebugaran siswa serta kegiatan ekstrakurikuler terkait.